Homoloji Modelleme Nedir?

Karşılaştırmalı modelleme olarak da bilinen homoloji modelleme, yapısı bilinmeyen bir proteinin 3 boyutlu yapısını tahmin etmek için kullanılan bir yöntemdir. Amino asit dizisinden "hedef" proteinin atomik çözünürlüklü bir modelini ve ilgili bir homolog proteinin ("şablon") deneysel üç boyutlu yapısını oluşturmayı içerir. Homoloji modelleme prosedürü dört ardışık adıma bölünebilir: şablon seçimi, hedef-şablon hizalaması, model oluşturma ve model değerlendirmesi. Şablonları tanımlamanın en yaygın yöntemleri dizi hizalamalarının üretilmesine dayandığından, ilk iki adım genellikle birlikte gerçekleştirilir. Homoloji modelleme, protein yapısını modelleyerek ve ilgili proteinlerin bilinen yapılarıyla karşılaştırarak, bilinmeyen yapılara sahip proteinlerin fonksiyonel özelliklerini tahmin etmek için kullanılır. Evrim sırasında meydana gelen değişiklikleri belirlemek için farklı türlerden ilgili proteinlerin yapılarını karşılaştırarak protein ailelerinin evrimini incelemek için de yararlıdır. Bununla birlikte, homoloji modelleri, eklemelerin veya silmelerin konformasyonlarını, yani dizinin şablon dizisiyle hizalanmayan bölümlerinin yanı sıra yan zincir konumlarının ayrıntılarını tahmin etmede güvenilir değildir.

Kaynakça

1. https://thebiologynotes.com/homology-modeling/
2. https://en.wikipedia.org/wiki/Homology_modeling
3. https://www.umass.edu/molvis/workshop/homolmod.htm